南农大完成植物重复基因数据库

记者近日从南京农业大学了解到,该校张绍铃教授团队体系鉴定了梨等141栽培物基因组的不同类型重复基因,构建了植物重复基因数据库,揭示了重复基因进化的遍及规律。相关成果近日在线宣布于国际知论理学术期刊《基因组生物学》,数据库也在南农大官网供国表里研讨者同享。

据论文第一作者、南京农业大学园艺学院博士生乔鑫介绍,重复基因即基因复制发生的两个同源基因,植物通过复制基因,可以丰厚本身基因库,抵御外界杂乱多变的环境,还能添加进化变异的时机,完成物种分化和多样性。

跟着近年来测序技能的晋级,测序本钱大幅下降,越来越多的植物基因组被破译,现在已完满足基因组测序的植物超过200种,包括单细胞绿藻、苔藓类植物、蕨类植物、裸子植物以及被子植物,但关于鉴定不同品种植物的重复基因,仍缺乏一个通用方法。

南农大张绍铃教授团队此前体系鉴定了梨基因组中的重复基因,以此为基础,团队开发了一个具有遍及适用性的生物信息学方法,并深化分析了141栽培物的基因组。

研讨成果标明,在植物漫长的进化过程中,基因串联复制和附近复制一直坚持较高的发生频率,为植物习气杂乱多变的外界环境提供源源不断的遗传变异资料。在基因组加倍后的较短时间内,重复基因间会发生高频率的基因置换,并跟着时间推移进一步分化。

张绍铃表明,团队使用141栽培物基因组中包括的所有蛋白序列,构建了大规模的植物直系同源基因家族,包括大豆、水稻、小麦、玉米等大宗粮食作物,以及梨、桃、葡萄、蔬菜、花卉等园艺作物,今后将陆续拓展其他植物类别。



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